A questão racial teve um importante papel na escolha da política imigratória brasileira. Para o governo imperial o imigrante ideal teria que ser agricultor, branco e que viesse com a família. Neste momento, o termo imigrante passou a ser sinônimo de europeu. Negros e mestiços foram automaticamente excluídos dos projetos de colonização baseados na distribuição de terras. Nos contratos firmados, com os agenciadores, os imigrantes seriam selecionados de acordo com suas origens regionais (o que indicava que a categoria genérica de "europeu" não era absoluta ou exclusiva). Como exemplo, no decreto 5.663, de 1873, celebrado pelo governo imperial com Joaquim Caetano Pinto Júnior, no topo da lista apareciam alemães e austríacos. Os portugueses e espanhóis foram excluídos, mas por outro lado incluía bascos e italianos do Norte. Quase sempre a política imigratória imperial não se prendia a escolhas minuciosas da região de origem, sendo o europeu genérico o alvo preferido da política de imigração. Por muitas décadas os alemães permaneceram no topo da preferência entre os imigrantes, por sua laboriosidade e seu "pendor” agrícola e militar. A situação veio a se alterar no final do século XIX, quando então cresceu a corrente contrária à imigração alemã, principalmente devido à formação de quistos germânicos no sul do Brasil, e que não se assimilavam dentro da sociedade brasileira, o que passou a ser considerado uma ameaça.
Recorrer à imigração de trabalhadores africanos foi uma ideia prontamente descartada pois, para a elite, isso representaria um reestabelecimento do tráfico negreiro e um aumento da "africanização" do Brasil. O grande número de negros e mestiços, majoritários na população brasileira, causava preocupação entre a elite. Chineses, indianos e outros asiáticos também foram excluídos uma vez que, ao lado dos africanos e dos índios, eram considerados pertencentes às "raças inferiores”, em um momento em que as ideias de eugenia racial tinham grande prestígio no pensamento científico. O decreto 528, de 1890 foi explícito ao restringir a entrada no Brasil de "indígenas da Ásia e da África".
O privilégio concedido aos europeus também não era irrestrito, uma vez que criminosos, mendigos, vagabundos, portadores de doenças contagiosas, inválidos, velhos, ciganos, ativistas políticos, refugiados, etc, eram listados como "indesejáveis". Os alemães também passaram a figurar na lista dos "indesejáveis", devido à sua tendência à não assimilação. Neste momento, a questão da "latinidade" ganhou força, uma vez que o governo pretendia formar um crisol de raças, que se miscigenaria, caldearia, fundindo-se e assimilando imigrantes e descendentes, alcançando uma meta que seria uma totalidade inequivocamente brasileira. No pensamento da elite, se formaria no Brasil um povo mestiço, mas onde deveriam predominar as características da raça branca, diluindo a presença das "raças inferiores".
Assim, italianos, portugueses (e, às vezes, espanhóis), pelo fato de serem povos de cultura latina próxima à matriz luso-brasileira, apareciam como os imigrantes preferenciais, provavelmente com ênfase nos italianos, pois também havia um certo sentimento antilusitano, inclusive nos meios intelectuais. Assim, a política migratória brasileira privilegiou italianos e portugueses, considerados “assimiláveis”.
